Plusieurs personnalités politique de la région se sont opposés à la mise en place de cette crèche. Le PRG s’était exprimé dans un communiqué pour s'en prendre au président Laurent Wauquiez, coupable selon les élus du groupe d'avoir fait "un caprice" et "une provocation à la laïcité". Jean-François Debat, le président du groupe socialiste a également dénoncé cette initiative qui selon lui "remet en cause le principe de laïcité et de neutralité du service public".
Ce jeudi, Laurent Wauquiez a tenté de mettre fin à la polémique sur son compte Facebook. "Cette crèche c’est notre histoire et notre terroir. C’est bien pour nos enfants que pendant cette période de Noël il y ait cette dimension festive. Le Conseil d'État a lui-même indiqué qu'on avait parfaitement la possibilité dès lors que cela avait une dimension culturelle, ce qui est notre cas, une dimension historique, ce qui est notre cas, en plongeant dans les racines de notre région, ce qui est le cas. Au nom de quoi est-ce qu'on devrait s'excuser de nos traditions?", a indiqué le président de la Région.